治疗方案的确定是根据病人的临床症状，在严密结合实验室诊断之后才可以确定的，这两者缺一不可，而临床上很多病人在就诊生殖系统疾病的时候，被很多的医生只凭一张报告单就确立治疗方案，甚至有的病人只凭一张常规化验报告单就进行大规模治疗。真正的治疗条件应该是在详尽的实验室诊断之后如：常规化验、细菌培养鉴定分析、或B超或CT或核磁或造影；生化检测、药敏试验、或精子分析或精浆分析，再结合诊断室检查如：指诊、触诊、尿道膀胱镜等，用以从内到外或从外到内通一排查；再加上如：阴茎、尿道、前列腺尿道、精阜周围、射精孔状态、膀胱三角肌状态、尿流量状态、排尿神经感觉、精液的量、质、色；两侧小腹部、输精管部感觉、腹股沟部感觉、会阴部感觉、肛周感觉、大腿部、臀部感觉；睾丸、附睾严格触诊等。

    如果这些部位的诊断明确之后，才可以确定治疗方案，比喻一个前列腺炎合并有睾丸炎、尿道球腺炎的病人，其治疗方案应安排如下：1、导药治疗、2、高能治疗、3、睾丸外热敷、4、尿道灌药5、球腺部物理治疗，所以这五组治疗措施必须同步进行缺一不可，因为生殖系统是互相通连的，一旦感染了细菌往往是多部位同时发病，所以治疗必须要有整体概念。